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好文献一定要看透,以一篇氢气医学研究论文为例

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来源:孙学军 氢思语 2018-09-08

做研究需要有判断文献重要性的能力,文献的数量庞大,如果只收集不阅读,没有什么用,如果全部都阅读,也没有那么多时间,许多前辈都给大家指出过如何应对海量的文献,那就是把文献根据自己的情况,评估出重要性,根据重要性采用不同的阅读手段,一般性文献和自己课题无直接关系的重要相关进展要简要了解主要信息,不明白的可以查查相关解释,把中心意思弄明白。这里仍有必要详细划分,这里不赘述。

比较重要文章与自己课题关系比较密切的要看摘要和研究结果,其他内容可以大概看看,最好看看有什么真正新的内容。

非常重要的是那些可影响你研究领域的文献,无论是方法学,新的物质分子,新的研究设计等,只要你判断这个文章将会产生比较重要的影响,那么就把所有的相关信息都要看仔细,甚至那些具体的实验步骤,但不要盲目相信文献,争取能把这些文献的一些缺陷挖出来,小心避免被“重要文献”误导。

看文献绝对不是简单记忆文献,必须是分析和理解文献。因此,看到重要文献中任何不明白的信息,都需要追踪信息来源,例如你对一个分子不明白,就找相关资料看看。要把所有的参考文献都找来,把比较关键的参考文献全文查到,仔细看作者的思路线索是否可靠,有时候有许多作者并不把参考文献看重,只为自己发表服务,甚至你会发现有不少属于胡说的内容,就是本来一个文献没有这个内容,或者不同的发现,竟然也可能被作者拿来支持其观点。这样的情况,审稿人是很难发现的,除非非常熟悉这个领域的所有内容,这些问题的发现就要靠我们这些大同行了。上述内容过去有许多人讨论过,我也曾经对不同方面写过一些文章。

你如果经常能有上述这样的情况,说明你已经是真正会读文献了,当然读文献的水平仍必须在实践中训练才能提高。仍是那句:读文献绝对不是背书,是分析透彻,理解全面,看透本质。

关于重要参考文献,要注意可能存在这样一些情况:对自己重要的文献不一定对别人重要。重要文献不等于那些发表在高档杂志上的文献,有的文献可参考思路,有的文献可参考重要信息,有的文献可能给你带来一个重要的研究领域或方向。因此,从一定意义上讲,评价文献重要性是科研能力的重要体现。

阅读重要参考文献,需要特别重视的一个方面:要会挖掘信息。上述关于文献的追踪是比较简单的回顾性追踪,这里的挖掘是属于扩展性追踪。扩展性追踪就是把作者提到到没有深入论述的信息进行分析,这一点是特别重要的。例如许多生物学方面研究中的组学研究,由于研究者往往把重点放在各类基因和分子的族群上,对具体的分子往往会忽视掉。如果有条件,可以自己开展类似研究,如果没有条件,一定要注意这方面的相关进展。

现用我最近阅读的一个重要的小文章作为实际例子来说明这个问题。氢气生物学研究已经有4年了,过去基本上大家是按照这样一个简单的思路:氢气具有抗氧化作用是个新发现的现象。对各类氧化损伤类疾病都可能具有治疗作用,例如各类器官缺血再灌注损伤、炎症损伤已经细胞凋亡等,因此一般选择题目的路线就是,选择一个没有人作的疾病模型,采用氢气治疗,观察治疗效果,可以从具体疾病的研究模式进行,然后针对氧化损伤进行研究,以确定这种治疗作用与氧化损伤有关系,在这个基础上,选找一些可能比较重要的信号分子,例如NFKb、FGF2、NRF2等,围绕这些分子进行上下游的追踪,以确定这些分子是否参与治疗机制。这类研究从本质上讲没有太多新意,一般的研究生都可以选择,好处是发表论文容易,研究周期短,见效快。这两年我们基本上是按照这个模式开展研究的,国际上几个比较重要的实验室也是这么做的,区别是大家研究的规模和细节不同而已。这个阶段也很重要,对将来的临床研究提供了重要的参考依据。但上述研究套路属于打靶法,有碰运气的成分,有相对重复的问题。

如果能用组学手段对一些蛋白、小分子、基因表达进行筛选,用这些研究手段中寻找一些可能有价值的目标,然后采用常规研究手段,验证这些目标改变的真实性和功能。就比较有新意和重要性了。当然如果自己没有这样的条件,就必须关注类似的进展,从研究论文中挖掘出自己需要的金子。这样的好事往往比较少,一般如果有比较大实力的实验室会不着急发表这些数据,或者不发表有可能是重要发现的数据,等自己做的差不多了再发表,等你明白过来,他们早就下手了,幸运的是,因为组学研究信息量比较大,一个单位不可能把所有的内容都作完,甚至都不能确定那个目标是最重要的,因为数量改变不一定就代表功能的变化,只是提示有可能具有重要作用而已。这就给那些条件较差的单位提供了机遇。

在进一步认真阅读了最近日本一篇关于氢气对肝脏基因表达影响的文章,http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=41174&do=blog&id=448550我从中直接拷贝的,但文章没有对这些基因进行任何解释,只提供了名字,更没有分析这些基因改变对氢气效应到底有什么价值,当然更重要的是,基因组学研究的结果需要经典方法的研究,例如用蛋白和基因表达的常规方法对这些比较重要改变的基因进行确认性研究,这是该研究的缺陷和遗憾。不过瑕不掩瑜,能提供这些基因的名称就难得可贵了,这给我们非常重要的启示,至少这些基因非常有可能发生了明显改变,我们只需要对其中任何一个基因进行蛋白和mRNA水平的验证性检测,就可以发表论文,如果能结合这些分子的功能,改变这些基因,或者直接采用各种方法调节,确认在氢气效应中的地位,都是非常具有重要价值的贡献,都是非常值得深入研究的,因此,我说这个文章就是一个金矿,需要仔细认真全面地挖掘。下面举几个例子:

如果开展关于氧化损伤方面的研究,本研究提供了许多氧化还原酶,找比较常见的研究比较多的基因,例如NOX4就非常好。

如果开展脊髓损伤方面的研究,就可以选择一个与脊髓损伤关系密切的基因,下面有介绍。

如果开展糖尿病方面的研究,本研究也提供了许多相关基因。

由于本研究是检测的正常动物影响,这具有十分重要的价值,因为如果在疾病状态下,由于疾病本身的影响,很难区分疾病与氢气的独立影响。当然本研究是慢性试验,是否在急性模型中仍有这些基因表达的改变,或者改变程度是否明显,都不能确定,不过这个研究给我们提供了很有价值的线索,非常值得我们重视。另外,本研究是针对肝脏的基因表达,其他器官是否也存在类似改变,也是难以确定的。

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